A Krysist 5 körön át játsszuk. A játékosok minden körben összeállítanak egy 3 ügynökből álló csapatot, amellyel megpróbálnak többékevésbé legális módszerekkel minél több kristályt és tárgyi leletet megszerezni a bányából, és biztonságba helyezni. Az nyer, akinek a játék végére a kristályokból és leletekből a legtöbb győzelmi pontot sikerül összegyűjtenie.

Egy játékkör 4 fázisra osztható: Bányászat, Ügynökfázis, Akció és Befejezés.

1. Bányászat

A bányában a lépéssorrendet titkos licittel döntjük el. Egyszerre fedjük fel, hogy hány kristállyal licitáltunk, majd a bankba befizetjük a felajánlásokat (betesszük a közös készletbe). A legnagyobb tétet felajánló játékos elsőként választhat egy mezőt a bánya következő szintjéről. Erre a mezőre teszi a bányászfiguráját, ezzel megszerzi az ott látható kristályokat, esetleg leleteket, és a táborába viszi őket. Ezután a többi játékos következik, a felajánlásuk értéke szerinti csökkenő sorrendben, és választanak egy-egy szabad mezőt ugyanezen a következő szinten a bányában, és így tovább.

2. Ügynökfázis

Minden játékos választ egy tetszőleges ügynökkártyát a kezéből, és egyszerre fedjük fel ezeket. Mindezt a játékosok még kétszer megismétlik, így minden játékos előtt 3 kijátszott ügynökkártya lesz – ebben a körben ezzel az ügynökcsapattal játszunk. Az a játékos kezdheti meg elsőnek az ezután következő akciófázist, akinek a csapata az összesített gyorsaságát tekintve a legnagyobb. Utána következik a második leggyorsabb csapat tulajdonosa – és így tovább.

3. Akció

Az aktív játékos 3 lehetséges akció közül választhat: Békés szállítás, Rablás vagy Bányászat.

a) Békés szállítás

A játékos békés szállítás alkalmával nyereménypontokat biztosít magának. Két lehetőség közül választhat: a táborából vagy hazaszállít, vagy a központi bankba. A békés szállítás után az aktív játékos 3 ügynöke ebben a körben már nem védheti meg táborát, hiszen ügynökei elhagyták azt. b) Rablás

Az aktív játékos megtámadhatja bármely ellenfele táborát, ha a csapatának összesített harci ereje (a kijátszott kártyáin látható harci értékek összege) felülmúlja az ellenfél csapatáét. A támadó csak annyi kristályt/leletet rabolhat, amennyit a csapatának szállítókapacitása megenged. A zsákmányt eldöntheti, hogy haza- vagy a táborba szállítja, vagy esetleg bankba viszi, hogy rögtön győzelmi pontokra válthassa. c) Egyéni bányászat

Az aktív játékos elvesz a talonból 6 pont összértékű kristályt tetszőleges összetételben (pl. 2 pirosat, vagy 3 kéket, vagy 1 kéket és 4 fehéret stb.), és a táborába helyezi. Az ügynökkártyák és az esetleg felfedett fegyveres leletkártyák a táborban maradnak, hogy megvédjék azt.

4. Befejezés

A játékosok 3 új ügynökkártyát húznak tetszőleges összeállításban (akár 3 szállítót vagy 3 harcost is lehet), és a kezükbe veszik azokat, az előző körből megmaradt ügynökkártyák mellé.

A játék vége, értékelés

A játék 5. körének végén megszámoljuk a győzelmi pontokat: a játék során a bankba vitt kristályokkal és leletekkel szerzett és lelépett pontokhoz hozzáadjuk, vagyis lelépjük az ernyő mögött gyűjtött értékeket. A hazaszállított leletkártyákat csoportosan, az egyforma vagy különböző tárgyak száma szerint értékelhetjük.

Az a játékos nyer, aki a legtöbb győzelmi pontot gyűjtötte össze. Döntetlen esetén az azonos pontszámot elérő játékosok közül az nyer, akinek a bányászfigurája előrébb áll a bányában.